Ingénieure et titulaire d'un DEA et d'un doctorat en Automatique, Anne-Marie Jolly a successivement occupé les postes de chef de travaux à l'EUDIL (actuel Polytech'Lille), de maitre de conférences à Lille 1, de professeure des Universités à l'ENSAIT (Roubaix) et de directrice de Polytech Orléans. Depuis 2012, elle est nommée conseillère Relations extérieures auprès du directeur de cette dernière école.
Anne-Marie Jolly a participé aux évaluations institutionnelles et de programmes en Suisse, en Lituanie, en France (HCERES) et pour le réseau européen d'accréditation pour les formations d'ingénieurs (ENAEE). Elle a par ailleurs participé à la conception d'un cursus d'enseignement dans le domaine de l'automatique et de la logistique dans plusieurs écoles en France, au Maroc et au Pakistan.
Anne-Marie Jolly est professeure émérite depuis mars 2012.