Le professeur Rui Amaral Mendes est diplômé de l'Université de Porto et docteur en Chirurgie et pathologie bucale et maxillo-faciale de la VU Universiteit Amsterdam (sous la supervision du Professeur Isaac van der Waal).
Il a occupé des postes de professeur de Médecine orale, d'Oncologie orale et de Chirurgie buccale à l'Université Catholique du Portugal, où il a également été Directeur clinique de la Clinique Dentaire Universitaire, Directeur du master intégré en Médecine dentaire et Directeur du cours de master de spécialisation en Médecine et pathologie orale et maxillo-faciale. Il a également été Visiting Clinical Associate Professor à l'University of Michigan jusqu'en 2014.
En août 2015, il a laissé ces postes au profit d'un mandat à la Case Western Reserve University. Il est également chercheur au "Center for Research in Higher Education Policies" (Université de Porto) et membre du Conseil de l'ADEE - Association for Dental Education in Europe et ASPIRE / AMEE - Association for Medical Education in Europe.
Il est rédacteur en chef adjoint du British Medical Journal - Case Reports et du Journal of Oral Pathology and Medicine, membre du comité de rédaction pour Oral Diseases, et reviewer actif pour plusieurs revues scientifiques.