Docteur ès Lettres et Sciences Humaines (1997) et titulaire d'une habilitation à diriger des recherches en Archéologie et Histoire de l'Antiquité (2008), Francis Prost enseigne à l'Université Paris 1 - Panthéon Sorbonne depuis 2009. Il y est professeur d'archéologie classique et d'histoire de l'art antique. Parallèlement, il est directeur de l'équipe « Mondes grecs archaïques et classiques » (UMR 7041) à Nanterre.
Par le passé, il a séjourné comme membre scientifique à l'École française d'Athènes (1995-1997) et a occupé des charges d'enseignement à l'Université de Rennes-2 Haute Bretagne (1998-2003) et à l'École normale supérieure de Paris (2003-2009).
Hormis son poste de professeur à l'Université Paris 1, Francis Prost est également : vice-président de la Société française d'Archéologie classique (depuis 2011) et membre du conseil scientifique de l'École française d'Athènes (depuis 2008). Depuis 1992, il a également participé à plusieurs fouilles (France, puis Grèce et Turquie).
Membre de plusieurs comités éditoriaux et de jurys scientifiques et pédagogiques, Francis Prost est également l'auteur de nombreux travaux, ouvrages et articles scientifiques.
En termes d'évaluation de programme, Francis Prost a été membre d'un comité d'expert de l'Agence d'Evaluation de la Recherche et de l'Enseignement Supérieur (AERES) et a, à ce titre, procédé à l'évaluation du centre de recherche de l'Université d'Aix en Provence (centre Camille Jullian).
