Docteur en Sciences de la Terre, Yves Coquet est Professeur de l'enseignement supérieur agricole. Il enseigne à AgroParisTech, grande Ecole formant des ingénieurs, des masters et des docteurs dans le champ du vivant et de l'environnement. Il y enseigne la science du sol, la pédologie et l'hydrologie.
Il y exerce de nombreuses responsabilités dans l'ingénierie de la formation. Il est responsable d'une formation de Master intitulée « Sols : organisation, fonctionnement et gestion ». Il a créé une spécialité de 3e année du cursus ingénieur agronome intitulée « Ingénierie de l'environnement : eau, déchets et aménagements durables ». Il a aussi participé à la refonte du cursus ingénieur d'AgroParisTech avec la mise en place d'un domaine « Gestion et ingénierie de l'environnement ».
Ses domaines de recherche sont : la physique des sols, le transport de l'eau, des substances dissoutes et des pesticides dans les sols, le sort des polluants dans les sols, l'évaluation des risques de contamination aux pesticides dans les environnements terrestres ainsi que la spatialisation des propriétés du sol.