Docteur en philosophie, Bernard Baertschi a été maitre d'enseignement et de recherche à l'Université de Genève jusqu'en 2014, où il a enseigné la bioéthique à la faculté de Médecine et la philosophie morale et politique au département de Philosophie. En 2004, il a occupé la Chaire municipale d'éthique de l'Université de Grenoble. Il a été membre de diverses commissions d'éthique en Suisse, dont la Commission fédérale pour la biotechnologie (CENH) et siège actuellement au Comité d'Éthique de l'Inserm (France).
Il est actuellement membre de divers comités scientifiques, tant pour des revues (Bioethica Forum, Ethical Perspectives, Revue française d'éthique appliquée) que pour des institutions (Espace éthique Île de France, Journées Jules Verne de Nantes, Forum Européen de bioéthique à Strasbourg, Institut de bioéthique de l'Université de Kaslik au Liban), et par le passé, a été co-rédacteur en chef des Studia philosophica.
Il a publié de nombreux articles dans des revues spécialisées et plusieurs livres dans le domaine de la philosophie morale, de la bioéthique et de la neuroéthique.
