Titulaire d'un master en Sciences commerciales et industrielles, Yves Rey a enseigné les systèmes d'information à la HES-SO depuis 1998. De 2001 à 2020, il a occupé plusieurs postes de direction au sein de la HES-SO (de directeur de la Haute école de gestion de Sierre au poste de Vice-Recteur Enseignement qu'il a occupé dès 2014). Dans ce contexte, il a participé à la création des cursus de master, en dirigeant notamment le programme MSc en Business Administration et en coordonnant les programmes de master au sein de HES-SO Master en particulier par la mise en place de la structure administrative, logistique et financière ainsi que la coordination qualité et l'accompagnement du processus d’accréditation des filières. Il a également dirigé la mise en place du dispositif interne d'évaluation des programmes bachelor et master de la HES-SO.
De 2015 à 2020, il a été membre de la délégation Enseignement de swissuniversities et a présidé de 2017 à 2020 la commission Enseignement de la chambre des HES de swissuniversities.
Depuis 2020, il dirige le Service des Hautes Écoles du Canton du Valais qui assure le pilotage politique et financier du domaine des hautes écoles et écoles supérieures en Valais.
Pour le compte de l’AEQES, il a présidé la visite institutionnelle de deux hautes écoles dans le cadre de la phase pilote.
