L'EPFC fut fondé en 1963 par la Chambre de Commerce de Bruxelles (CCB) sous la forme d'un service de formation aux langues réservé à ses membres.
L'offre de cours s'élargit rapidement pour donner aux entreprises la possibilité d'offrir un recyclage à leur personnel, compatible avec les horaires de travail. D'abord orientées vers les langues, les formations évoluent progressivement vers les métiers de l'entreprise.
L'établissement est affilié au réseau de la FELSI (Fédération des Établissements Libres Subventionnés Indépendants) et offre aujourd'hui une très large palette de formations.

En 1981, l'Université Libre de Bruxelles apporte aux cours de la CCB sa caution pédagogique et scientifique. Un an plus tard, l'ULB et la CCB constituent une association de fait pour gérer conjointement l'EPFC ; cette association évoluera en ASBL peu de temps après. L'histoire de l'EPFC a également été marquée par la reprise de divers établissements bruxellois d'enseignement communal dans les années 70 et 80 (Forest, Saint-Josse et Woluwe-Saint-Pierre) et de l'Institut de Technologies Nouvelles et d'Informatique - Philips. La dernière fusion avec un établissement remonte à 2006 avec l'École d'Ergologie.

A la rentrée 2017, les neuf implantations de l'EPFC ont déménagé pour se regrouper dans un bâtiment unique, avenue de l'Astronomie, à Bruxelles.