En déployant ses activités d'évaluation externe, l'AEQES poursuit deux missions principales : rendre compte de la qualité de l'enseignement supérieur et œuvrer à son amélioration constante. Cette double mission se décline comme suit: par le développement de méthodologies spécifiques et de référentiels d'évaluation, par l'engagement d'évaluateurs expérimentés, nationaux et internationaux, l'AEQES offre aux établissements un avis extérieur et formateur ; elle produit et diffuse les résultats des évaluations menées, sous forme de rapports, analyses et méta-analyses (diagnostics et recommandations). Dans l'accomplissement de ces activités, l'AEQES assure une veille méthodologique en analysant les pratiques d'assurance qualité européennes et internationales afin de développer, pour les établissements de la FWB, des approches en phase avec les contextes d'enseignement supérieur en mutation.
Elle soutient la coopération entre les acteurs de l'enseignement supérieur, notamment en organisant, au bénéfice et en partenariat avec les parties prenantes , des événements visant le partage de pratiques autour de thématiques relatives à la qualité et à l'assurance qualité. L'AEQES a également établi une note conjointe avec l'ARES (disponible en cliquant ici) et un accord de coopération avec le Service général d’inspection portant sur les évaluations et audits menés dans l’enseignement de promotion sociale (disponible en cliquant ici).
En développant son positionnement au niveau européen et international, en nouant des collaborations internationales, l'Agence contribue à consolider la visibilité internationale de l'enseignement supérieur de la FWB.
L'Agence traduit ses missions dans un plan stratégique 2021-2025 et dans des plans d'action annuels.