Les organes de l'Agence sont le Comité de gestion, le Bureau, les groupes de travail et la Cellule exécutive. Les décisions de l'Agence sont prises par le Comité de gestion ; le Bureau prépare les décisions du Comité de gestion et assure toutes les missions que ce dernier lui délègue dans son règlement d'ordre intérieur ; les groupes de travail approfondissent les thématiques débattues au sein du Comité de gestion ; la Cellule exécutive est chargée de mettre en œuvre les décisions du Comité de gestion et du Bureau et veille à la bonne organisation des évaluations.
Les membres du Comité de gestion, du Bureau et de la Cellule exécutive s'engagent à respecter le code de déontologie établi par l'Agence.
L’Agence s’est également dotée d’une commission de reconnaissance d'évaluation/d'accréditation menée par d'autres organismes ainsi que d'une commission de gestion des plaintes, cette dernière agissant de façon indépendante de l'Agence.
Enfin, la Commission indépendante a pour mission de traiter les demandes d’avis global introduites par les établissements qui souhaitent, à la suite de leur évaluation institutionnelle, être exemptés des évaluations programmatiques organisées par l’AEQES. Une Commission de recours existe également et a pour mission spécifique d’instruire les éventuels recours contre la procédure d’avis global.
